Biologickou ochranou rostlin rozumíme využití živého organismu pro ochranu zdraví rostlin, tj. aplikace přípravků obsahujících mikroorganismy na bázi hub či bakterií, které svou přítomností v porostu či půdě brání jejich zasažení nežádoucími patogeny. Tento druh ochrany rostlin je stále spojován převážně s ekologickým zemědělstvím, nicméně většina aplikací směřuje do konvenčního hospodaření.

Naším cílem je najít symbiózu v pesticidní a biologické ochraně rostlin – viz. příklad:

Před setím
- půdní aplikace trichodermy – biologická ochrana
- fungicidní mořidlo – pesticidní ochrana 
- biologické preparáty (namáčení osiva) - biologická ochrana

Fáze vzcházení, vývoj listů
- aplikace herbicidu – pesticidní ochrana

Fáze odnožování
- aplikace fungicidu – pesticidní ochrana

Fáze sloupkování až praporcový list
- aplikace bakterií – biologická ochrana

Fáze metání až tvorba obilky
- aplikace bakterií – biologická ochrana